多组学与方法学
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今天 11月8日 周日 1 条
Full-Spectrum Spectroscopic Characterization of Extracellular pH Effects on FRET-Based Genetic Voltage Indicators Expressed in Xenopus laevis Oocytes
本文为《Methods Mol Biol》的方法学章节，提供了逐步实验方案：在非洲爪蟾卵母细胞中表达FRET型遗传编码电压指示剂，利用整套测量装置（含组装与光路对准）对细胞外pH影响进行全光谱光谱分析。作者指出，pH敏感性是电压指示剂关键但常被低估的特性，在将成像拓展至细胞器膜时尤为重要；卵母细胞可在稳定的电生理控制下实现单细胞实时全光谱测量，从而获得在其他体系中难以实现的机制性表征。原文未提供具体实验数据、样本量与统计结果，发表时间亦未知，故仅为方案性描述。
推荐理由：作为膜电位指示剂pH敏感性表征的操作方案较为规范，但研究对象为爪蟾卵母细胞表达体系，与生殖医学、辅助生殖及胚胎多组学核心问题关联很弱，仅对从事卵母细胞电生理/光学记录方法学的人员有参考价值。
11月6日 周五 11 条
Genetic dissection of cell type–specific congenital heart disease variants reveals ETS1 control of vascular smooth muscle cell fate
该研究在人心脏分化过程中联合检测单细胞H3K27ac、H3K27me3、H3K4me3和转录组，构建单细胞多组学图谱并将顺式调控元件分为六种染色质状态，优先筛选出610个富集于谱系和状态特异性调控区的先心病非编码变异。CRISPR敲入验证这些变异可扰动邻近基因表达并损害心脏分化。进一步解析ETS1附近Polycomb标记变异，发现局部H3K27me3丢失、H3K27ac增加和ETS1上调，使分化转向第二心场祖细胞及高迁移性ETS1+血管平滑肌细胞，揭示非编码变异通过ETS1驱动异常血管平滑肌命运承诺。
推荐理由：方法学新颖，单细胞多组学解析非编码变异与染色质状态的关系，对胚胎发育与调控变异研究有参考价值；但研究对象为先心病而非生殖/ART核心问题，临床转化相关性有限。
Clinically derived micro- and nanoplastic uptake drives spatiotemporally confined metabolic stress revealed by bond-selective imaging
该研究利用化学键选择性受激拉曼散射（SRS）显微成像，并结合可区分持续暴露与胞内滞留的细胞模型，直接观察临床来源微塑料/纳米塑料（MPs/NPs）与细胞的相互作用。结果显示，细胞应激主要发生在MP/NP暴露期间，伴随脂滴组成改变；细胞外去除后，胞内滞留颗粒大多呈惰性，脂代谢与细胞功能恢复。脂质组学发现花生四烯酸（AA）是关键失调代谢物，SRS成像显示摄取时MP/NP邻近脂滴内出现短暂、空间局限的AA富集。磷脂包覆可减轻脂滴改变与细胞毒性，同时保留颗粒内化，提示摄取驱动的代谢应激而非长期胞内滞留是MP/NP损伤的主…
推荐理由：方法学新颖，SRS成像与脂质组学结合清晰区分了“暴露期摄取应激”与“长期胞内滞留”的毒性贡献，对环境暴露毒理研究有启发；但研究对象为通用细胞模型，未直接涉及生殖细胞、胚胎或ART场景，生殖医学相关性有限，适合作为环境生殖毒理的背景阅读。
Early Wnt inhibition promotes GnRH neuron differentiation by upregulating FGF8-FGFR1 signaling
研究以人多能干细胞（hPSC）经Wnt与双SMAD抑制10天诱导GnRH神经元分化，并用生长素诱导降解子（AID）系统在10–20天时间窗内可控敲低FGFR1，结合FGF8b刺激与FGF8阻断及NPC与GnRH神经元的bulk RNA测序。结果显示，早期Wnt抑制无需外源FGF8b即可诱导GnRH神经元形成，可能通过上调前脑标志物与内源性FGF8实现；阻断内源FGF8或敲低FGFR1均削弱GnRH十肽分泌与GNRH1表达，而FGF8b可挽救GNRH1表达。结论：早期Wnt抑制经FGFR1介导的FGF8信号促进人G…
推荐理由：首次在人源hPSC模型中解析Wnt抑制与FGF8-FGFR1的时序性交互在GnRH神经元发生中的作用，机制新颖、时序可控敲低设计扎实；但属发育机制研究，距ART临床与实验室决策较远，适合关注生殖内分泌与干细胞分化方向者阅读。
Gastruloids reveal alternative morphogenetic routes for body-axis elongation with distinct cytoskeletal dependencies
研究利用可在体外控制环境线索的小鼠类原肠胚（gastruloid）模型，探讨细胞如何选择体轴延长的力学策略。结果显示底物可获得性决定力学生成方式：自由悬浮时类原肠胚通过细胞间相互作用自组装出单一后部体轴；铺于层粘连蛋白（laminin）上则变为扁平形态、多次打破对称，并以集体细胞迁移形成多条独立延长的细胞流，具前后极性。铺板条件下组织延长依赖 formin 活性与黏着斑介导的牵张力，而悬浮条件下二者均可缺失。转录组分析显示抑制 formin 在层粘连蛋白上阻断延长却无转录变化，提示其作用主要为力学性的、仅在细胞接…
推荐理由：用类原肠胚把“环境-力学效应器-形态发生策略”的因果关系拆解清楚，对理解哺乳动物体轴延长与胚胎模型可重复性有直接价值；但属发育力学基础研究，与临床 ART 决策距离较远。
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Mast Cell-Derived CCL2 Exacerbates Endometriosis Pain via Binding to CCR4
研究探讨肥大细胞及CCL2在子宫内膜异位症（EMs）疼痛神经敏化中的作用。作者先利用公共单细胞数据集（GSE179640）定位CCL2在EMs各细胞类型的表达，并验证其在肥大细胞中富集；随后采集EMs患者异位与在位内膜及对照正常内膜，检测CCL2、CCR4、肥大细胞数量与PGP9.5阳性神经纤维，并与疼痛评分作相关分析；建立内膜间质细胞—肥大细胞—神经元共培养体系，并在EMs大鼠模型中评估痛阈与病灶神经纤维密度。结果显示CCL2在EMs中显著上调，并与疼痛、肥大细胞浸润及感觉神经相关；抑制CCR4可缓解大鼠痛觉过…
推荐理由：机制链条完整（单细胞定位—临床组织相关性—共培养—大鼠模型验证），为EMs相关疼痛提供CCL2/CCR4新靶点；与辅助生殖的核心环节（胚胎、卵巢）关联较间接，但对合并内异症的助孕人群疼痛管理有参考价值。
Low-Input Spatial Proteomics of FFPE Tissues Reveals Proteins Important for Mouse and Human Meiotic Progression of Spermatocytes
研究基于激光显微切割（LCM）优化了适用于微量临床FFPE样本的空间蛋白质组学方法，从约100个精母细胞中鉴定出近2000种蛋白，并保留了空间定位信息。在小鼠和人睾丸组织中比较减数第一次分裂前期（粗线期、双线期）与中期转换，发现小鼠两期蛋白特征相近，鉴定出MPI、UBE2N等新关键蛋白。对梗阻性无精子症（OA）与减数分裂阻滞（MA）患者的粗线期精母细胞比较显示，MA中上调蛋白集中于谷胱甘肽代谢通路；抑制人鼠同源的IDE与IDH2可影响中期I形成。
推荐理由：方法学上有实质突破：低起始量LCM空间蛋白质组学使微量FFPE临床睾丸样本的单细胞分辨率蛋白检测成为可能；并在小鼠与人中交叉验证，给出MA与OA的差异通路及IDE/IDH2功能线索，对男性不育机制研究与潜在靶点有参考价值。
Using Diamond Relaxometry to Measure Free Radicals on Human Single Spermatozoa: From Boar to Human
该研究将基于荧光纳米金刚石氮空位中心的T1弛豫量子传感技术从猪精子模型优化并转化至人单精子。通过系统比较孵育时间、温度和处理液，确定1小时、室温、含白蛋白介质为临床兼容方案，可保持精子代谢活性并稳定FND结合与T1值。优化后，menadione处理使猪和人精子T1显著缩短，人精子FND共定位率36%，实现单细胞自由基检测。结论：为人精子氧化应激生物标志物研究提供可行方法。
推荐理由：方法学新颖，首次将量子传感T1弛豫优化至人单精子水平，为男性不育氧化应激提供单细胞检测工具；但样本量与临床验证仍有限，属早期方法学研究。
Shape-memory scaffold targets inflammation and fibrosis to restore endometrium and fertility in intrauterine adhesions
该研究针对宫腔粘连（IUA）导致的不孕，开发可微创植入、顺序释药并具屏障保护作用的双药双功能可降解形状记忆再生支架（BiSMR）。基于化学、机械及联合损伤模型的蛋白质组学分析，作者将表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）与17β-雌二醇（E2）联用，构建E2负载PLTG骨架与PDA-EGCG@HAMA涂层，实现EGCG快速释放后E2持续释放。体外实验显示其促进增殖、迁移、血管生成及M2极化并抑制肌成纤维细胞转化；大鼠IUA模型中恢复内膜结构与血管化、减少纤维化，并改善着床与活产率。
推荐理由：该研究将多组学损伤分型与双药时序释放支架结合，在动物模型中同时改善子宫内膜结构与生育结局，为宫腔粘连提供较有转化潜力的再生策略；但证据仍限于大鼠，临床获益需人体验证。
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Follicular-fluid neonicotinoid exposure and endometriosis: associations with reproductive outcomes and metabolic remodeling
该研究在接受辅助生殖技术（ART）的174例不孕女性（63例子宫内膜异位症、111例对照）的卵泡液中定量检测了16种新烟碱类杀虫剂及其代谢物，并采用单污染物回归与混合暴露模型分析其与子宫内膜异位症及ART结局的关系；另对40例亚组行非靶向代谢组学。卵泡液中这类污染物普遍检出，N-去甲基啶虫脒（N-dm-ACE）检出率最高，其浓度每增加一倍，患子宫内膜异位症的比值比为1.79（95%CI 1.38-2.32），且在混合模型中稳定占优；部分代谢物与成熟卵母细胞数减少、双原核受精卵减少及妊娠率降低相关，在子宫内膜异位症…
推荐理由：首次在人体卵泡液微环境中系统刻画新烟碱类杀虫剂暴露谱，并将其与子宫内膜异位症和ART结局、脂质/核苷酸相关代谢特征联系起来，为环境暴露与生殖毒性研究提供了可复用的多组学分析框架；但横断面设计、单中心中等样本与探索性代谢组结果限制了结论强度，适合作为研究方向参考而非临床决策依据。
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Integrative Single-Cell Proteomics and Network Analysis Identifies DHX9 as a Key Regulator of Oocyte Maturation and a Therapeutic Target for Oocyte Developmental Arrest
该研究对8枚人卵母细胞（4枚GV期、4枚MI期）和12枚小鼠卵母细胞（GV、MI、MII及FGO各3枚）进行超深度单细胞蛋白质组学分析，人均鉴定约5574个蛋白、小鼠约3477个蛋白，发现阻滞卵母细胞中mRNA剪接通路异常激活。整合网络分析锁定RNA解旋酶DHX9为保守共表达模块的核心枢纽：DHX9高表达维持转录过度活跃，阻碍成熟所需的转录静默转换。用ATX968抑制DHX9可恢复转录沉默并显著挽救减数分裂成熟（1 μM时GVBD 95%、PBE 80%，接近野生型98%/82%，远高于对照8%）。研究提示DHX…
推荐理由：首次以人卵母细胞超深度单细胞蛋白质组学刻画GV/MI阻滞的蛋白景观，并通过网络分析定位DHX9这一可成药枢纽，配合药理学挽救实验，机制与转化链条完整；但人卵样本量仅8枚、挽救实验主要在小鼠体系，结论外推需谨慎。
Optimized Proteomic and N-Glycoproteomic Profiling Reveals Aging-Associated Molecular Remodeling in Granulosa Cells
本研究系统比较SDS、SDC和尿素三种蛋白提取流程及胰蛋白酶与LysC-胰蛋白酶消化策略，用于颗粒细胞蛋白质组和N-糖蛋白组分析，发现SDS流程整体表现最优，并将其应用于6例年轻与6例高龄女性的临床颗粒细胞样本，共鉴定7599个蛋白和4703个N-糖肽。整合分析发现12个差异表达蛋白和111个差异丰度N-糖肽，提示卵巢衰老伴随蛋白表达与N-糖基化改变，且糖基化变化可独立于蛋白丰度。该研究建立了临床颗粒细胞多组学分析的稳健流程，并为卵巢衰老机制提供新线索。
推荐理由：该研究针对临床颗粒细胞样本量少、膜/分泌蛋白提取难的问题，系统优化并建立可复用的蛋白质组与N-糖蛋白组流程，同时提供年轻与高龄女性颗粒细胞差异图谱，对卵巢衰老研究和ART实验室多组学应用有参考价值；但样本量较小、缺乏独立验证，结论仍需谨慎解读。
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11月5日 周四 5 条
Estrogen/autophagy/ECSCR regulatory axis in vascular endothelial cells facilitates angiogenesis in endometriosis
该研究聚焦子宫内膜异位症（EMs）异位病灶中血管内皮细胞（VEC）功能异常及血管生成机制。作者整合单细胞RNA测序与GEO数据，结合免疫组化及体外qRT-PCR、Western blot、自噬检测、细胞骨架形成、成管和划痕实验，并在小鼠模型中进行验证。发现EMs病灶血管密度增加、VEC自噬和骨架形成增强；雌激素通过上调ERα促进VEC自噬，自噬增强则下调ECSCR，进而促进VEC骨架形成、迁移和成管，形成促血管生成微环境。结论提示雌激素-自噬-ECSCR轴是EMs异常血管生成和疾病进展的关键调控机制。
推荐理由：研究整合单细胞测序、公共数据集、体外功能实验与小鼠模型，较完整地揭示雌激素-自噬-ECSCR轴调控EMs血管生成的新机制，对理解异位病灶微环境及探索抗血管生成靶点有参考价值；但与ART临床决策的直接关联有限。
Sex-dependent molecular architecture and selective cargo organization of gonadal extracellular vesicles in an echinoderm model
该研究以海参 Apostichopus japonicus 为模型，分离雌雄成熟性腺来源的细胞外囊泡（EVs），并进行靶向代谢组学分析。研究发现 10 种类固醇相关代谢物在雌雄 EVs 间显著分化：雌性 EVs 富集上游类固醇前体（如孕烯醇酮、DHEA 硫酸盐）及多种皮质类固醇，雄性 EVs 则偏向雄烯二酮下游衍生物。多变量分析显示 EV 代谢货物呈清晰性别分离，并对应保守的类固醇生成与皮质类固醇通路。作者据此提出 EVs 通过携带性别偏倚代谢信号参与生殖特化的机制框架。
推荐理由：研究为无脊椎动物性腺 EV 的性别差异代谢货物组织提供了新证据，对比较内分泌与 EV 介导的生殖信号研究有启发；但与哺乳动物及人类辅助生殖的直接相关性有限，适合作为进化背景或方法学参考浏览。
CTRP6-AdipoR1 signaling promotes testosterone production and alleviates obesity-associated male reproductive dysfunction
该研究探讨肥胖导致男性生育力下降的分子机制。作者发现，C1q/TNF 相关蛋白 6（CTRP6）是由睾丸间质细胞分泌的睾酮合成调控因子，高脂饮食选择性下调间质细胞内 CTRP6 的表达与分泌，而循环水平反而升高，提示睾丸微环境存在组织特异性失调。间质细胞特异性过表达 CTRP6 可缓解高脂饮食诱导的睾丸萎缩、恢复生精小管结构与精子参数并挽救睾酮生成；特异性敲除则损害生精功能。机制上，CTRP6 与 AdipoR1 结合，经 PI3K/Akt、SREBP2-CYP51A1 通路影响胆固醇与睾酮合成；睾丸内注射重组人…
推荐理由：首次提出间质细胞来源 CTRP6-AdipoR1 自分泌轴连接肥胖与睾酮合成及生精障碍，遗传学与重组蛋白体内挽救实验链条较完整，对男性生育力保护与肥胖相关不育的干预研究有参考价值；但尚属动物模型阶段，向临床转化仍需验证。
Paternal zearalenone exposure impairs transgenerational male spermatogenesis via the METTL14-m6A-Thap1-glutathione axis
本研究在小鼠中给予父代慢性玉米赤霉烯酮暴露（5 mg/kg/日，10周），发现F1与F2代雄性后代精子计数与活力下降、畸形率升高、睾丸组织形态受损。多组学分析显示睾丸GSH水平显著降低，源于THAP1转录激活的GSS与GGT7表达下降；父代暴露使Thap1 mRNA候选位点m6A富集增加（由METTL14介导），可能经YTHDF2依赖的降解降低THAP1蛋白。父代睾丸敲低Mettl14或子代睾丸过表达Thap1可恢复GSH与精子发生，提示该表观转录组轴是跨代雄性生殖毒性的机制与潜在干预靶点。
推荐理由：首次将环境霉菌毒素的父系跨代生殖毒性串联到METTL14-m6A-YTHDF2-THAP1-GSH这一完整表观转录组机制，并以敲低/过表达双向验证，对男性生殖毒理与表观遗传研究均有直接参考价值。
Endothelial fate mapping reveals spatiotemporal restriction in yolk sac-derived innate lymphoid cells
该研究在小鼠中利用诱导性谱系追踪和单细胞转录组学，追踪卵黄囊来源造血前体对固有淋巴样细胞（ILC）发育的贡献。结果显示，卵黄囊来源前体可产生胚胎早期出现的ILC，但这些细胞仅在胎儿小肠中被选择性指定并激活ILC特异性转录程序；尽管可在多个胎儿器官中检出，其贡献具有明显时空限制，出生后迅速减弱。研究提示卵黄囊前体在ILC早期发育中具有此前未被充分认识的作用。
推荐理由：研究为胚胎期ILC起源与时空指定提供了新证据，方法设计有一定新意；但主题属于基础免疫发育生物学，与生殖医学、辅助生殖及胚胎多组学的直接关联较弱，对ART实验室和临床决策的转化价值有限。
11月4日 周三 7 条
Decoding the regulatory programs governing glioblastoma plasticity
该研究提出深度学习框架 scDORI，在单细胞分辨率推断增强子驱动的基因调控网络，并应用于逾百万个原发胶质母细胞瘤细胞核的多组学（sn-multiome）图谱。结合患者来源模型的系统扰动筛选，作者发现细胞可塑性由激活因子与抑制因子不对称互作的结构化程序控制，其状态转换景观呈层级性且可预测，但存在正常神经发育中没有的跨谱系轨迹。类神经元等低可塑性状态并非稳定分化终点，而由守护型抑制因子网络主动维持；MYT1L 为其中核心成员，可结合并抑制各替代状态的主调控因子，限制可塑性并抑制体内肿瘤生长与侵袭，其缺失则重启可塑性…
推荐理由：方法学与机制层面质量很高：scDORI 的单细胞多组学调控网络推断及“守护型抑制因子”概念，对多组学整合分析有借鉴意义；但研究对象为胶质母细胞瘤，与生殖医学/胚胎领域几乎无直接关联，仅建议关注多组学方法学的读者浏览。
Nectin-4 mediates rubella virus entry in airway and placental cells
研究采用邻近生物素标记蛋白质组学结合CRISPR-Cas9验证，鉴定nectin-4为风疹病毒（RuV）的功能性侵入受体。异位表达nectin-4使非允许细胞易感，阻断或基因敲除则降低感染；机制上nectin-4直接结合RuV包膜糖蛋白异二聚体，在钙依赖性初始附着后介导受体依赖性内吞。极化气道上皮模型中nectin-4介导基底侧侵入并支持顶端子代释放，为呼吸道传播提供分子机制；胎盘模型中nectin-4高表达于合体滋养层，促进母胎界面感染，但其他滋养层细胞感染存在非依赖途径。
推荐理由：Nature级别的受体鉴定工作，机制链条完整，对理解孕期风疹病毒母胎界面感染与呼吸道传播有重要价值；但研究对象为病毒侵入而非胚胎/内膜本身，与辅助生殖核心范畴相关性有限。
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In vivo Nupr1 regulates oxidative stress-endoplasmic reticulum stress crosstalk and mitochondria-dependent apoptosis in varicocele-related testicular injury
本研究基于精索静脉曲张（VCL）大鼠睾丸转录组数据再分析，将 Nupr1 鉴定为连接氧化应激（OS）、内质网应激（ERS）与凋亡的候选基因。VCL 睾丸及 H2O2 或衣霉素处理的 GC-2、TM4 细胞中 Nupr1 表达均上调。GC-2 细胞稳定敲低 Nupr1 后，氧化应激下活力下降、ROS 蓄积增多、线粒体膜电位降低、凋亡增加，伴 cleaved caspase-3 升高与 Bax/Bcl-2 比值上升；同时 GRP78、IRE1/p-IRE1、PERK/p-PERK、ATF6 表达下降，提示适应性未折叠…
推荐理由：以转录组再分析加体外敲低验证，首次将 Nupr1 置于 VCL 中 OS-ERS-线粒体凋亡轴的中心，对男性不育机制研究有参考价值；但仅限大鼠与细胞系、缺乏体内干预与临床样本，转化距离较远。
Atf3 Regulates Spermatogenesis by Mediating Ferroptosis During Testicular Heat Exposure
该研究以小鼠睾丸与 GC-2 精母细胞系为对象，探讨高温暴露损伤生精细胞的机制。结果显示，随温度升高小鼠睾丸出现不同程度损伤，热暴露后子代雌雄比例异常；体外实验中 GC-2 细胞在热暴露后 6 小时损伤最重。转录组测序筛选出激活转录因子 3（Atf3），体内外验证发现高温使 Atf3 表达升高、下游 SLC7A11 与 GPX4 表达下降，并伴活性氧蓄积，从而触发铁死亡。作者据此提出 Atf3–SLC7A11/GPX4 轴介导铁死亡是热暴露致雄性生育力下降的潜在机制。
推荐理由：首次将热暴露致生精细胞死亡归因于 Atf3 上调引发的铁死亡（SLC7A11/GPX4 下调、ROS 蓄积），机制链条清晰且有体内外双重验证，对男性生育力损伤与生殖毒理研究有参考价值；但样本量与统计细节在摘要中未充分呈现，且与临床 ART 的直接关联有限。
Alterations of fecal microbiome and metabolome in patients with diminished ovarian reserve
该横断面研究纳入190例接受冻融胚胎移植的女性（91例卵巢储备减退DOR、99例正常卵巢储备NOR），采集临床资料与粪便，行16S rRNA测序和非靶向代谢组学。DOR组肠道菌群健康指数更低、失调指数更高，Hoylesella属显著减少，且其丰度与AMH及AFC正相关；鉴定243个差异代谢物，其中硬脂酸对DOR区分AUC达0.89，网络药理学提示PI3K-Akt通路及五个核心靶点可能介导关联。研究提示“肠-卵巢轴”参与DOR，但机制尚缺实验验证。
推荐理由：基于较多样本整合16S与代谢组学，发现DOR相关菌属和硬脂酸标志物，对肠-卵巢轴及DOR生物标志物研究有参考价值；但横断面设计、缺乏机制验证和年龄分层，临床转化仍需谨慎。
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The effects of diet-induced obesity on glucose metabolism in the mouse endometrium
该研究建立长期饮食诱导肥胖（DIO）小鼠模型，比较10%、45%、60%高脂饲料组在动情前期子宫内膜的葡萄糖代谢。高脂组体重和糖耐量进行性恶化，血清代谢组显著改变并富集脂质、葡萄糖与能量通路；肝脏糖原下降、甘油三酯升高，提示胰岛素抵抗。但子宫和子宫内膜的糖酵解酶、糖原水平、胰岛素信号及代谢组改变很小，仅60%脂肪组有10种代谢物变化。结论：DIO造成全身胰岛素抵抗，却对动情前期子宫内膜葡萄糖代谢影响有限。
推荐理由：该研究系统表征了DIO小鼠的全身代谢并聚焦动情前期子宫内膜，阴性结果有助于澄清肥胖相关植入失败是否一定伴随子宫内膜葡萄糖代谢缺陷，对动物模型选择与后续机制研究有参考价值。
Integrative mRNA and lncRNA transcriptome analysis of enhanced developmental competence of bovine GV stage oocytes vitrified in liquid helium
该研究比较液氦（LHe）与液氮（LN）玻璃化牛GV期卵母细胞的复苏后发育能力，并进行mRNA和lncRNA转录组测序、功能富集、共表达网络分析及RT-qPCR验证。结果显示LHe组卵裂率（43.0% vs 33.6%）和囊胚率（12.1% vs 8.5%）显著提高；鉴定出361个差异mRNA和137个差异lncRNA，涉及免疫应答、代谢、有丝分裂DNA完整性检查点及同源染色体分离等通路，并预测HORMAD1、CDYL、TRIOBP为潜在核心枢纽基因。结论提示LHe玻璃化可能通过特定mRNA-lncRNA共表达网络…
推荐理由：将液氦玻璃化与牛GV期卵母细胞转录组网络联系起来，为卵母细胞冷冻保存优化提供候选分子线索；但样本量和验证深度有限，且为动物模型，临床转化需谨慎外推。
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11月3日 周二 6 条
Senescent CD8 T effector memory cells are functionally impaired, enriched in aging and disease, and a barrier to immunotherapy
该研究以人外周血 CD8 T 细胞为对象，结合单细胞 RNA 测序与功能实验，刻画表达 SA-βGal 的 CD8 效应记忆（EM）T 细胞的衰老状态。结果显示，具独特转录特征的 SA-βGal 高表达 CD8 T 细胞在各分化阶段均可出现，其 EM 亚群随增龄而增多，表达多种经典衰老标志，增殖、细胞因子分泌及清除衰老基质细胞的能力显著下降。该衰老基因特征在老年人、年龄相关疾病与肿瘤患者及吸烟者的 CD8 T 细胞中富集；且 T 细胞衰老独立于并主导于耗竭，限制 CD8 T EM 对免疫检查点阻断的应答。
推荐理由：对免疫衰老与免疫治疗抵抗机制有较清晰的新证据（衰老独立并主导于耗竭），但研究对象为外周 CD8 T 细胞，未涉及生殖组织、胚胎或 ART 人群，与生殖医学仅为间接关联，可作为生殖免疫/生殖衰老背景阅读而非必读。
Visual LLM-guided consensus spatial domain detection with L-STAR
该研究针对空间转录组分析中的关键步骤——组织空间域划分，指出不同算法在不同数据集上表现差异大、缺乏普遍最优方法。作者提出 L-STAR，利用大语言模型的视觉能力对多种候选方法生成的空间域图进行比较与排序，并基于排名最高的结果构建共识空间域图谱。在涵盖不同组织、物种与技术平台的数据集中，L-STAR 的划分结果比单一方法或固定方法组合的共识分析更接近专家注释；其排序具有可重复性，且在图像配色与呈现顺序改变时总体稳定。L-STAR 还能给出比较依据，并为检出的空间域赋予有生物学意义的名称，使分析更自适应、稳健且可解释。
推荐理由：将视觉大语言模型引入空间转录组域划分的共识构建，方法思路新、可解释性有亮点，对使用空间转录组的生殖组织研究（子宫内膜、卵巢、胚胎）有方法学借鉴价值；但非生殖核心问题，属于工具类论文。
A compact motif vocabulary is differentially interpreted across human cell types
该预印本研究开发可解释神经网络CNN-CR，在116个人类生物样本中预测基因表达并学习调控基序。结果显示启动子调控高度可压缩：数十个重复基序家族即可保留大型细胞类型特异性词汇的大部分预测信息，并能泛化到发现集之外的细胞背景；这些基序结合位点保守，且富集于精细定位的调控变异。细胞背景通过两层机制起作用：染色质状态决定哪些基序实例可用，reader身份决定可及基序如何被解读；ChIP-seq显示reader占据跨细胞类型频繁变化，基因组尺度扰动支持相应的背景依赖功能。结论是调控多样性可源于对紧凑共享DNA词汇的差异可…
推荐理由：方法学和调控基因组学概念上有新意，对理解顺式调控语法与AI模型可解释性有价值；但与生殖医学、胚胎和ART核心问题距离较远，适合关注计算调控组学的读者浏览。
Integrative Pan-Cancer Multi-Omics Analysis Reveals POLQ as a Prognostic Biomarker and Immunotherapeutic Target in Uterine Corpus Endometrial Carcinoma
研究利用TCGA、GTEx、cBioPortal、TIMER2.0与GSCA等多组学数据，对DNA聚合酶θ（POLQ）进行泛癌表达、突变、预后与免疫特征分析，并结合药敏相关性与分子对接预测长春新碱、紫杉醇、多西他赛与POLQ蛋白的潜在结合。结果显示POLQ在多数恶性肿瘤中高表达，与晚期及不良生存相关，基因扩增为其上调驱动因素；其表达与免疫细胞浸润、肿瘤突变负荷及微卫星不稳定性显著相关。在子宫内膜癌中，高表达POLQ激活DNA复制、细胞周期及ATR依赖的DNA损伤通路。结论认为POLQ是泛癌预后与治疗标志物，支持以…
推荐理由：多组学整合较系统，并给出POLQ在子宫内膜癌中的免疫与细胞周期机制线索，对内膜癌分子分型与靶向治疗选题有参考价值；但为公共数据库二次分析、以分子对接等生信预测为主，缺乏实验验证，且与辅助生殖核心流程距离较远。
Integrated Multi-Omics and Machine Learning Identify PTTG1 as a Prognostic Biomarker and Therapeutic Target in Endometrial Cancer
该预印本整合TCGA与GEO转录组数据，结合WGCNA和LASSO、SVM-RFE、XGBoost、Boruta四种机器学习算法筛选子宫内膜癌标志物，并利用单细胞测序、空间转录组、虚拟敲除/过表达、药物敏感性预测及Western blot、qRT-PCR、免疫组化和CPTAC蛋白组验证。研究提示PTTG1为独立预后标志物，在肿瘤上皮中高表达并促进细胞周期、核糖体生物合成和谷胱甘肽代谢，同时关联免疫抑制微环境及MEK抑制剂敏感性。
推荐理由：多组学整合、机器学习筛选和多层次验证较完整，对子宫内膜癌分子分型与靶向治疗有参考价值；但研究对象为子宫内膜癌而非植入或ART核心场景，对生殖医学读者的直接相关性有限。
scSTEC: Annotating Chromatin Subcompartments from Individual Single-Cell Hi-C Data via Direct Two-Dimensional Embedding and Chromosome-wise Consensus
该预印本提出scSTEC，用于直接从单个细胞的scHi-C接触矩阵注释染色质亚区室，无需数据填补、复杂上游流程或跨细胞信息共享。作者发现scGHOST构建的跨染色体矩阵本质为秩2，可利用二维基因组嵌入与染色体间共识完成注释。在bulk Hi-C、降采样模拟及人类细胞系、小鼠皮层、发育胚胎和嗅觉感觉神经元等真实scHi-C数据中，scSTEC注释效果与scGHOST相当且更易解释，并能区分细胞类型、捕捉发育动态及关联基因表达与表观遗传谱。
推荐理由：方法新颖、算法解释性较好，对胚胎与发育单细胞3D基因组研究有参考价值；但属预印本且与ART临床决策距离较远，生殖临床读者可浏览方法学部分。