生殖医学 · 辅助生殖 · 胚胎多组学 — 文献聚合、解读、阅读管理与推送
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该预印本研究开发可解释神经网络CNN-CR，在116个人类生物样本中预测基因表达并学习调控基序。结果显示启动子调控高度可压缩：数十个重复基序家族即可保留大型细胞类型特异性词汇的大部分预测信息，并能泛化到发现集之外的细胞背景；这些基序结合位点保守，且富集于精细定位的调控变异。细胞背景通过两层机制起作用：染色质状态决定哪些基序实例可用，reader身份决定可及基序如何被解读；ChIP-seq显示reader占据跨细胞类型频繁变化，基因组尺度扰动支持相应的背景依赖功能。结论是调控多样性可源于对紧凑共享DNA词汇的差异可…
推荐理由：方法学和调控基因组学概念上有新意，对理解顺式调控语法与AI模型可解释性有价值；但与生殖医学、胚胎和ART核心问题距离较远，适合关注计算调控组学的读者浏览。
研究利用TCGA、GTEx、cBioPortal、TIMER2.0与GSCA等多组学数据，对DNA聚合酶θ（POLQ）进行泛癌表达、突变、预后与免疫特征分析，并结合药敏相关性与分子对接预测长春新碱、紫杉醇、多西他赛与POLQ蛋白的潜在结合。结果显示POLQ在多数恶性肿瘤中高表达，与晚期及不良生存相关，基因扩增为其上调驱动因素；其表达与免疫细胞浸润、肿瘤突变负荷及微卫星不稳定性显著相关。在子宫内膜癌中，高表达POLQ激活DNA复制、细胞周期及ATR依赖的DNA损伤通路。结论认为POLQ是泛癌预后与治疗标志物，支持以…
推荐理由：多组学整合较系统，并给出POLQ在子宫内膜癌中的免疫与细胞周期机制线索，对内膜癌分子分型与靶向治疗选题有参考价值；但为公共数据库二次分析、以分子对接等生信预测为主，缺乏实验验证，且与辅助生殖核心流程距离较远。
该预印本整合TCGA与GEO转录组数据，结合WGCNA和LASSO、SVM-RFE、XGBoost、Boruta四种机器学习算法筛选子宫内膜癌标志物，并利用单细胞测序、空间转录组、虚拟敲除/过表达、药物敏感性预测及Western blot、qRT-PCR、免疫组化和CPTAC蛋白组验证。研究提示PTTG1为独立预后标志物，在肿瘤上皮中高表达并促进细胞周期、核糖体生物合成和谷胱甘肽代谢，同时关联免疫抑制微环境及MEK抑制剂敏感性。
推荐理由：多组学整合、机器学习筛选和多层次验证较完整，对子宫内膜癌分子分型与靶向治疗有参考价值；但研究对象为子宫内膜癌而非植入或ART核心场景，对生殖医学读者的直接相关性有限。
该预印本提出scSTEC，用于直接从单个细胞的scHi-C接触矩阵注释染色质亚区室，无需数据填补、复杂上游流程或跨细胞信息共享。作者发现scGHOST构建的跨染色体矩阵本质为秩2，可利用二维基因组嵌入与染色体间共识完成注释。在bulk Hi-C、降采样模拟及人类细胞系、小鼠皮层、发育胚胎和嗅觉感觉神经元等真实scHi-C数据中，scSTEC注释效果与scGHOST相当且更易解释，并能区分细胞类型、捕捉发育动态及关联基因表达与表观遗传谱。
推荐理由：方法新颖、算法解释性较好，对胚胎与发育单细胞3D基因组研究有参考价值；但属预印本且与ART临床决策距离较远，生殖临床读者可浏览方法学部分。
研究以小鼠为模型，比较高龄与年轻卵母细胞在体外、使用同一年轻供精条件下的受精与发育表现，以排除衰老受精环境与父源变异的干扰。结果显示：高龄卵母细胞在体内受精后形成着床点的比例下降约3.7倍；但在体外受精后，其囊胚形成率与年轻对照组相当，细胞谱系构成虽有改变但无缺陷，移植至年轻输卵管后发育至E18.5也未见明显受损。蛋白质组分析发现，卵母细胞的蛋白年龄特征并未忠实传递到囊胚，部分蛋白（尤其在高龄卵母细胞中减少者）的年龄效应方向在卵母细胞与囊胚之间发生反转；与孤雌激活比较提示该分化依赖受精。稳定同位素标记显示，高龄受…
推荐理由：该研究通过体外受精与共用年轻精子、并将胚胎移植回年轻输卵管的设计，把卵母细胞衰老与生殖道衰老解耦，提出‘母龄蛋白组效应可被受精抵消’的新观点，直接关联ART实验室对高龄患者的配子评估与胚胎培养策略，值得细读。