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动物模型与比较生殖

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11月3日 周二 2 条

08:00 · Europe PMC · 预印本(领域内) · bioRxiv · 预印本 69 · 伦理、法规与指南

scSTEC:基于二维嵌入与染色体共识从单细胞Hi-C数据注释染色质亚区室

scSTEC: Annotating Chromatin Subcompartments from Individual Single-Cell Hi-C Data via Direct Two-Dimensional Embedding and Chromosome-wise Consensus

该预印本提出scSTEC,用于直接从单个细胞的scHi-C接触矩阵注释染色质亚区室,无需数据填补、复杂上游流程或跨细胞信息共享。作者发现scGHOST构建的跨染色体矩阵本质为秩2,可利用二维基因组嵌入与染色体间共识完成注释。在bulk Hi-C、降采样模拟及人类细胞系、小鼠皮层、发育胚胎和嗅觉感觉神经元等真实scHi-C数据中,scSTEC注释效果与scGHOST相当且更易解释,并能区分细胞类型、捕捉发育动态及关联基因表达与表观遗传谱。

推荐理由:方法新颖、算法解释性较好,对胚胎与发育单细胞3D基因组研究有参考价值;但属预印本且与ART临床决策距离较远,生殖临床读者可浏览方法学部分。

08:00 · Europe PMC · 预印本(领域内) · bioRxiv · 预印本 65 · 动物模型与比较生殖 ★ 偏好 +5

标记突变体实现斑马鱼仅凭视觉观察的快速非侵入性基因分型

Marked Mutants Allow for Rapid Non-Invasive Genotyping of Zebrafish by Visual Inspection Alone

该预印本在斑马鱼中利用CRISPR敲入策略,将包含启动子、荧光蛋白和polyA的完整次级标记盒插入目标基因编码外显子,使靶基因功能被破坏的同时永久标记突变等位基因,称为“标记突变体”。研究针对mitfa、tdp43和tdpl构建8个独立等位基因,使用孵化腺、胰腺或松果体启动子驱动GFP/RFP/BFP,发现生殖系传递效率约30%,所有等位基因均表现功能缺失;组合四个不同荧光标记可在表型出现前仅凭视觉识别tdp43/tdpl双复合杂合胚胎。该方法可减少PCR和剪鳍,简化群体管理并促进组合遗传学。

推荐理由:方法学新颖,对斑马鱼反向遗传学和动物模型管理有实用价值;但与人类生殖医学/ART核心问题距离较远,主要适合从事动物模型与发育遗传学的研究者浏览。

11月2日 周一 2 条

08:00 · Europe PMC · 预印本(领域内) · Research Square · 预印本 52 · 动物模型与比较生殖

VPS25/ESCRT-II 通过调控 IGF1R 运输影响小鼠与人类骨骼命运决定

IGF1R trafficking is modulated by VPS25/ESCRT-II in mice and humans to control skeletal fate commitment

研究在小鼠胚胎、颅神经嵴来源细胞及患者成纤维细胞中发现,ESCRT-II 亚基 VPS25 缺失会损害成骨并促使骨软骨祖细胞向软骨命运偏移;机制上活化 IGF1R 在内体蓄积,药物抑制 IGF1R 可在体内外部分挽救谱系身份,提示 ESCRT-II–IGF 信号调控颅面骨骼命运。

推荐理由:机制新颖,揭示 VPS25/ESCRT-II 经 IGF1R 运输调控颅面骨软骨命运;但主题属骨骼发育与罕见先天综合征,与生殖医学/辅助生殖核心关联弱,且为预印本,故不作为生殖每日必读。

底部偏重稳定浮性鱼卵并在其表面产生平流输运

Bottom-heaviness stabilizes pelagic fish eggs and generates advective transport at their surface

研究以约1 mm的浮性鱼卵为对象,在模拟上层混合层与河口环境的受控剪切流中观察其动力学。鱼卵因致密胚胎与浮性油球形成重力回复力矩,表现为稳定取向或变速旋转两种可重复行为,二者均产生卵与水的相对运动。刚体旋转模型显示,状态转换取决于局部流场和发育阶段,较老卵在较低外力矩下转为旋转。结论提示仅靠扩散的模型会低估氧和废物交换速率,平流输运对预测环境因素影响胚胎存活具有重要意义。

推荐理由:该研究提出鱼卵内部密度结构可产生平流输运的新机制,对比较胚胎学和胚胎微环境有启发;但对象为海洋鱼卵,与人类辅助生殖直接相关性低,转化价值有限。

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