在人神经干细胞中大规模鉴定SNP的转录调控潜能
Large-scale identification of the regulatory potential of SNPs in human neural stem cells
研究者在人神经干细胞中采用大规模并行报告基因检测(SuRE),评估了710万个SNP的转录调控潜能。在484,057个表达信号足够高的SNP中,共鉴定出7,002个具调控潜能的变异(emVars);这些变异富集于增强子区,并常与ZBTB33、YY1、ETS等转录因子结合位点重合。将SuRE数据与eQTL及七种神经精神表型的GWAS整合后,在风险位点内(覆盖183,186个受检SNP)定位到187个emVars。该数据集为复杂表型相关遗传变异的优先级排序提供了资源。
推荐理由:方法学扎实、数据资源规模可观(710万SNP的MPRA),但对象为神经干细胞与神经精神表型,与生殖医学/胚胎研究的直接关联很弱,仅对非编码变异功能注释与GWAS后位点优先级排序的方法思路有间接借鉴价值。